(LK) = Landkreis
(S) = Stadt
(G) = Gemeinde
(SB) = Stadtbezirk
(Ot) = Orts-/Stadtteil
In Rot ein schwebendes, qeradarmiges goldenes (gelbes) Tatzenkreuz.
Die Gemarkung Hügelheim weist menschliche Siedlungsspuren seit dem 7. Jahrhundert v. Chr. auf. Ob die Erwähnung eines Ortes Uchlinheim anläßlich einer Schenkung an das Kloster Lorsch im Jahre 773 auf Hügelheim zu beziehen ist, läßt sich nicht eindeutig bestimmen. Die erste sichere schriftliche Nachricht über den Ort liegt vom 21. April 1101 vor. Damals lautete der Name Hugensheim, doch ist die heutige Form des Ortsnamens, der von einem Personennamen abgeleitet wird, schon wenige Jahrzehnte später bezeugt.
Den Dinghof und das Patronat der Kirche besaßen zunächst die Herren von Üsenberg. Noch im 13. Jahrhundert konnte das Kloster St. Blasien beides erwerben und blieb Patronats- und Zehntherr bis zur Säkularisation 1806. Nach dem Aussterben der Üsenberger hatten zunächst die Grafen von Freiburg die Ortsherrschaft inne. Hügelheim gehörte zu ihrer Herrschaft Badenweiler, die 1444 an die Markgrafen von Hachberg-Sausenberg und 1503 an die Markgrafen von Fladen fiel. Hügelheim bildete zusammen mit Zienken eine der sieben oberen Vogteien der Herrschaft Badenweiler, ab 1810 gehörte es zum Amtsbezirk (ab 1939 Landkreis) Müllheim.
Die Gemeinde als Körperschaft (gebursami) wird im Weistum von 1424 über die Rechte St Blasiens genannt. Die Aufzeichnung dieser Rechte nahm der Vogt Heinrich Seringer vor, der zugleich als Vogt der Herrschaft Badenweiler zu Gericht saß. Aus dem Jahre 1505 ist ein Urteil des Gerichts Hügelheim überliefert. 1667 wird ein Stabhalter Christian Trötlein erwähnt.
Wie die übrigen badenweilerschen Vogteien führte auch Hügelheim kein Siegel mit einem eigenen Zeichen. Die Huldigungsliste von 1811 ist mit einem inschriftlosen Siegel beglaubigt, das lediglich den badischen Wappenschild mit Fürstenhut und umgehen von zwei gekreuzten Lorbeerzweigen zeigt. Nachweislich erst ab 1817 führte die Gemeinde Präge- und Farbstempel, die als Siegelbild ein Kreuz zeigen. Im älteren Prägestempel, der die Umschrift HIGELHEIM trägt, ist es als einfaches Hochkreuz abgebildet. Die späteren Präge- und Farbstempel mit der Umschrift GEMEINDESIEGEL HÜGELLHEIM oder nur HÜGELHEIM bringen es als Tatzenkreuz in einem von gekreuzten Lorbeerzweigen umgebenen Wappenschild.
Bei der Überprüfung und Neugestaltung der badischen Gemeindesiegel und -wappen teilte die Gemeinde dem Generallandesarchiv am 16. Januar 1903 mit, daß sich das Kreuz, das sie fälschlich als Malteserkreuz bezeichnet, auch auf alten Waldwegsteinen befinde und wohl schon seit Jahrhunderten als Gemeindewappen zu gelten habe. Zutreffender ist es sicher, nicht von Gemeindewappen, sondern von einem Fleckenzeichen zu sprechen. Eine besondere Bedeutung kann dem Zeichen nicht unterlegt werden; weder ist eine Beziehung zum - unbekannten - ehemaligen Kirchenheiligen noch zum Johanniterorden festzustellen.
Das Generallandesarchiv schlug im April 1903 die Beibehaltung des Siegelbildes vor und legte die Tingierung fest, wozu die Gemeinde im August 1903 einwilligte.