Das Bockhorst Wappen besteht aus einer goldenen Grundfläche, die von einem roten Wellenbalken getrennt wird, begleitet von drei (oben 2 unten1) roten Buchenblättern.

Das Wappen nimmt mit den Buchenblättern Bezug auf den Namen der Gemeinde. Bockhorst bedeutet eine mit Buchen bestandene Anhöhe auf einem schmalen Geestrücken zwischen dem Wilden Moor im Westen, dem Leegmoor und Melmmoor im Süden und der Esterweger Dose im Osten. Zugleich liegt Bockhorst unmittelbar an der Nordgrenze des ehemaligen Niederstifts Münster gegen Ostfriesland, weshalb die Farben Rot und Gold dem Wappen des ehemaligen Fürstbistums Münster entnommen sind. Auf das münsterische Stiftswappen spielt auch die Schildteilung an, doch steht der Wellenbalken für den Küstenkanal, der das Gemeindegebiet zwischen Bockhorst und Esterwegen quert.

In rotem Feld eine silberne Buche, deren Stamm vorn von einem silbernen Johanniterkreuz begleitet wird.

Das von Ulf-Dietrich Korn entworfene und am 10. Januar 1972 vom Regierungspräsidenten in Osnabrück genehmigte Wappen spiegelt die Geschichte der Gemeinde sowie deren Lage wider. Die Gemeinde liegt inmitten ausgedehnter mooriger Niederungen auf einem Geestrücken, der seit langer Zeit mit Buchenwald bewachsen ist. Dieser Wald ist eine Seltenheit in der sonst baumlosen Moorlandschaft und als Charistikum des Ortes bekannt. An dieser Stelle stifteten die Grafen von Bentheim ihre Güter an den Johanniterorden eine Kommende, die als Keimzelle des Ortes angesehen werden kann und bis 1570 bestand. Zur Erinnerung an die Kommende wurde das Johanniterkreuz neben die Buche gesetzt in den Farben des Johanniterordens.

Schräglinks geteilt von Rot und Grün durch zwei parallele silberne Wellenleisten, oben ein nach unten geöffnetes silbernes Hufeisen mit viereckigen Nagellöchern, unten geschrägt ein silberner Torfspaten mit D-Griff.

Das Hufeisen sowie die grüne Schildfarbe stehen für die Landwirtschaft in der Gemeinde, der Spaten für den früheren Torfabbau, die geteilte Wellenleiste für die Ohe und den Küstenkanal; die Farben Silber und Rot waren die Farben der Grafen von Ravensberg, die bis 1252 in dem Gebiet herrschten.