In Blau zwei abgekehrte goldene Halbmonde über einem sechsstrahligen silbernen Stern.
Am 11. April 1967 wurde der Gemeinde Allendorf-Eder im damaligen Landkreis Frankenberg vom Hessischen Minister des Innern ein Wappen mit obiger Blasonierung verliehen. Die Verleihung des Wappens erging nach Befürwortung durch ein von Karl Ernst Demandt erstelltes Gutachten vom 1. März 1967. Dieses beruhte auf Forschungen des früheren Direktors des Staatsarchivs Marburg Carl Knetsch († 1938) und des Archivars und Bibliothekars Hans Joachim von Brockhusen.
Ursprünglich handelte es sich bei dem Wappen wahrscheinlich um das Familienwappen des im 15. Jahrhundert ausgestorbenen Adelsgeschlechts von Allendorf (Aldindorf, Altendorf), so Knetsch und Brockhusen. Der Dorfchronist Norbert Henkel kritisiert allerdings eine angeblich mangelhafte Beweisführung für diese Annahme. Trotz mehrfacher urkundlicher Nennung eines Adelsgeschlechts, das sich nach dem Ort Allendorf nannte, gebe es bisher keinen Nachweis darüber, dass das heutige Kommunalwappen als dessen Familienwappen diente. Nicht nachvollziehbar bleibt für Henkel, auf welcher dokumentarischen Basis Knetsch die seinen Forschungen beigefügte Wappenskizze mit dem Familienwappen der Familie von Allendorf verbindet. Die hier angesprochene Wappenskizze basierte wohl auf dem Sandsteinrelief an der Battenfelder Kirche, die wahrscheinlich aus dem 15. Jahrhundert stammt, und welches noch heute dort zu sehen ist. Hierbei handele es sich um ein Allianzwappen, das auf der rechten Seite ein Wappen mit abgekehrten Halbmonden über einem Stern zeigt und auf der linken Seite eindeutig identifizierbar das Wappen der Familie Biedenfeld. Dieses Allianzwappen illustriere gemäß heraldischer Interpretation, dass eine Frau des Geschlechtes von Allendorf mit einem Mann des Geschlechts von Biedenfeld eine Ehe eingegangen sei.
Möglicherweise zog Knetsch aus einem von ihm erstellten Stammbaum der Familie von Biedenfeld den Rückschluss, dass es sich hierbei um das Wappen der Familie von Allendorf handelte. Henkel schlussfolgert, dass das heutige Kommunalwappen nicht mit Sicherheit auf ein Familienwappen der Familie von Allendorf zurückgeführt werden könne, da deren Familienwappen nicht bekannt ist bzw. ihr nicht eindeutig zuzuordnen sei. Fest steht daher für ihn, dass das Wappen einer zugeheirateten Ehefrau eines Mannes aus der Familie von Biedenfeld gehörte. Die Identität und Herkunft dieser Ehefrau ist bis heute ungeklärt. Aufgrund des Allianzwappens lasse sich vermuten, dass dieses Ehepaar mit den Baumaßnahmen an der Battenfelder Kirche in Verbindung gestanden haben könnte.