In halbgespaltenem und wellengeteiltem Schilde vorn in Grün zwei aus der Teilungslinie hervorkommende, auf einem Halm fächerförmig stehende goldene Ähren (Doppelähre); hinten Rot ein goldener Maueranker; unten in Gold ein achtspeichiges schwarzes Mühlrad.

1.) Die doppelte Kornähre.
Die doppelte Ähre, das Zeichen der Fruchtbarkeit, soll die Tallage und die heute noch bedeutende Landwirtschaft des Ortes symboliseren.

2.) Der plessische Maueranker.

a)Er soll auf die Geschichte Ebergötzens hinweisen, die lange Zeit mit dem Amt Radolfshausen verbunden war. Das nachfolgende Forstamt liegt heute in der Gemeinde Ebergötzen. Die Herren von Plesse bekamen 1353 u.a. die Dörfer Ebergötzen und Radolfshausen (ein Hof zu 3 Hufen) von den Grubenhagener Herzögen zu Lehen. Gericht und Vogtei lagen dann in Radolfshausen, das im 15. Jahrhundert, spätestens aber 1508 nach dem Bau des Festen Hauses Amtssitz wurde. Erst 1859 wurde im Zuge der Verwaltungsreform das Amt Radolfshausen aufgehoben. Ein plessischer Maueranker wurde also gewählt, um der politischen und wirtschaftlichen Bedeutung der plesser Herrschaft - und der nachfolgenden welfisch-hannoverschen - für den Fortgang der Ebergötzer Geschichte Ausdruck zu geben. (Reformation; Förderung von Forst- und Landwirtschaft, >Holz- und Baugewerbe.)

b)Der Maueranker weist auf die Zugehörigkeit der Gemeinde Ebergötzen zum Kreis Göttingen hin, der ebenfalls einen - hier vierfach aufgebogenen - plessischen Maueranker im Wappen führt.

3.) Das Mühlenrad.

Das Mühlenrad soll hinweisen
a) auf die Ortslage Ebergötzens am Zusammenfluss von Aue, Weißwasser und Eichlingebach;
b) auf die Geschichte der zahlreichen Wassermühlen im Ortsbereich, drei davon aus dem 16. Jahrhundert, darunter die Bachmannsche Mühle, bekannt geworden als Wilhelm-Busch-Mühle;
c) auf das heutige Sägewerk, das früher wasserangetrieben war.