Geteilt von Rot und Silber; oben eine silberne heraldische Rose, unten ein grüner Dreiberg.

Der grüne Dreiberg im Wappen steht redend für den Bestandteil Berg- im Ortsnamen. Die silberne Rose auf rotem Grund in der oberen Schildhälfte entstammt dem Wappen der Grafen von Moosburg, die im Mittelalter Grundbesitz in Berglern hatten und die Rechte der Zehenterhebung und der Kirchenvogtei dort ausübten. Um Verwechselungen mit dem alten Wappen der Stadt Moosburg zu vermeiden, welche das Wappen des Grafengeschlechtes von 1281 unverändert übernommen hatte, wurden im Wappen von Berglern statt der ursprünglich drei Rosen nur eine verwendet.
Das Wappen wurde vom Bad Tölzer Heraldiker Ernst Rößner gestaltet.
Das Bayerische Staatsministerium des Innern genehmigte mit Beschluss vom 4. September 1962 die Führung des Wappens durch die Gemeinde.

In Rot ein geflügelter goldener Drache mit silberner Pfeilzunge und Stachelschwanz.

Die dritte und älteste Kirche Wartenbergs ist die St. Nikolauskapelle auf dem Nikolaiberg. Man nimmt an, dass sie zur ehemaligen pfalzgräfischen Burganlage gehörte, was jedoch nicht belegt werden kann. Sie dürfte wohl im 13.Jahrhundert entstanden sein. Über der Kapellentür befindet sich das bekannte Tympanonrelief aus Kalkstein. Ein Löwe und ein Basilisk sind im Begriff, den Lebensbaum anzugreifen und zu vernichten. Vermutlich war der Basilisk das Wappensymbol der alten Burgherren. Daher ist das Fabeltier auch das Wappentier des Marktes Wartenberg. Es ist nicht bekannt, wann das Wappen verliehen worden ist. Es taucht erstmals auf den Siegeln des 16. Jahrhunderts auf. Über die Jahrhunderte hat sich Wartenberg die Stellung als zentraler Ort und als „Kaufmarkt“, wie man früher sagte, bewahrt.