Gespalten; vorne in Silber ein schwarzer Giebel mit vier Stufen, hinten in Blau zwei gekreuzte silberne Pilgerstäbe, auf der Kreuzung belegt mit einer silbernen Pilgermuschel.

Das Gemeindewappen zeigt in gespaltenem Schild den Stufengiebel als Wappenfigur der ausgestorbenen Herren von Hohenstein, hinten das "geminderte" Wappen der Freiherrn von Tautphoeus. Die Herrschaft der Hohensteiner in Marquartstein und die ihnen zugeschriebene Gründung der dortigen Burg fällt noch in das 11./12. Jahrhundert. Wappenbücher des 17. Jhrh. bekunden als Wappenfigur der Hohensteiner den in 4 Stufen aufsteigenden schwarzen Giebel in Silber. Alte Originalsiegel des Geschlechts fehlen. Die Aufnahme des Wahrzeichens der Familie von Tautphoeus ins Marquartsteiner Gemeindewappen ist durchaus berechtigt. Das stark verfallene alte wittelsbachische Pflegeschloß Marquartstein fand vor nahezu 100 Jahren in Cajetan Frhrn. v. Tautphoeus, königlicher Kammerherr und Ministerialrat, und seiner Frau Montgomery aus dem gräflichen Haus Englinton-Winton seine Wiedererbauer.
Das Wappen wurde am 17.10.1951 vom Bayerischen Staatsministerium des Innern der Gemeinde Marquartstein verliehen.

In Blau über einer aus silbernem Stufengiebel wachsenden silbernen heraldischen Lilie schwebend ein goldenes Andreaskreuz.

Das Achental und somit auch die Burg Hohenstein war bereits um 1000 im Besitz des auf der Baumburg residierenden Chiemgau-Grafengeschlechts der Sighardinger. Nach ihr benannten sich die von den Sighardinger stammenden Grafen als Herren von Hohenstein, die bis Ende des 14. Jahrhunderts nachweisbar sind. Ein aus dem Anfang des 14. Jahrhunderts überliefertes Hohensteinwappen zeigt eine aus dem Giebel, d. h. aufeinander geschichtete Steine, wachsende Lilie. Im Gemeindewappen wird somit die Ortsgeschichte repräsentiert. Ein in Egerndach begütert und mit den Hohensteinern versippt gewesenes Edelgeschlecht gilt als Errichter der ersten Kirche St. Andreas. Das Kirchenpatrozinium von Egerndach, St. Andreas, wird deshalb im Wappen durch Wiedergabe des sogenannten Andreaskreuzes berücksichtigt. Mit den Grundfarben Silber und Blau ist die alte Zugehörigkeit zu Bayern dargestellt.
Das Wappen wurde am 20.07.1972 vom Bayerischen Staatsministerium des Innern der Gemeinde Staudach-Egerndach verliehen.